当私人小厂老板跑路时，员工应当采取以下措施来保护自己的权益：
搜集证据
收集与劳动关系相关的证据，包括工资条、打卡记录、考勤簿、工服、工作往来信息、证人证言以及可能的录音等。
依据法律条文维权
员工可以依据《中华人民共和国企业破产法》和《工资支付暂行条例》等相关法律条文来维护自己的权益。根据这些法律，用人单位在破产清算时，应首先支付欠付劳动者的工资。
及时申请劳动仲裁
员工应及时申请劳动仲裁，按照规定的流程提交申请书、提供证据、参加仲裁庭的审理。如果对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
向劳动行政部门投诉
可以向当地劳动行政部门反映情况，请求其依法处理，或者通过劳动监察大队责令用人单位支付工资。
申请资产保护及公司资产清算拍卖
公司倒闭且老板逃跑后，员工可以向人民法院申请指定有关人员组成清算组进行清算，以公司财产赔偿员工的工资和其他相关费用。
报警处理
如果老板的行为涉嫌拒不支付劳动报酬罪，员工可以报警处理。警方可以介入调查，并追究老板的刑事责任。
多方求助
员工还可以通过工会、劳动部门等渠道反映情况，争取补偿。有时候地方政府会出面协调，设立专项基金帮助员工渡过难关。
总之，面对老板跑路的情况，员工应迅速行动，搜集证据，依据法律条文维权，并及时申请劳动仲裁和向法院申请资产保护。同时，保持冷静，积极寻求多方帮助，争取自己的合法权益。
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