公司交税的方式主要依据不同的税种及其计税依据，具体如下：
增值税
增值税是根据公司的销项税额减去进项税额的增值额来计算的。
一般纳税人的增值税税率为13%，小规模纳税人的税率为3%。
企业所得税
企业所得税是按照公司的利润来征收的。
年利润在300万元以上的公司，税率为25%；年利润在300万元以下的小微企业，税率为5%。
个人所得税
个人所得税是针对公司向个人发放的工资、奖金、股权收益等应税所得征收的。
公司本身不缴纳个人所得税，但需要代扣代缴员工的个人所得税。
附加税
附加税费包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加，这些税费是以实际缴纳的增值税税额为计税依据的。
对于小微企业，还可能享受教育费附加和地方教育费附加的税收优惠。
其他税种
公司可能还需要缴纳其他税种，如印花税、消费税、资源税、房产税、土地使用税、车船税等。
这些税种的计税依据和税率根据具体业务和行业有所不同，需要具体咨询当地税务机关。
综上所述，公司交税的方式并不是单纯依据收入或利润中的某一项，而是根据不同的税种及其计税依据来确定的。建议在实际操作中，公司应咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规并充分利用税收优惠政策。
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