当你在租车期间因违章被扣除12分时，需要按照以下步骤处理：
及时联系租车公司
租车人首先应该及时联系租车公司，了解具体的扣分情况及相关规定。租车公司可能会要求提供相关的驾驶证信息，并告知需要缴纳的罚款和其他可能的费用。
前往交通管理部门处理
租车人需要按照交通管理部门的要求，携带自身驾驶证、行驶证以及罚单等材料，前往指定的地点进行处理。可以选择通过交管局的APP、网站或者直接前往交管所进行处理。
参加学习和考试
根据《道路交通安全法》规定，一个记分周期内记分达到12分的驾驶人，需要到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习，并在二十日内参加考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，需要继续参加学习和考试。
缴纳罚款
在处理违章扣分的过程中，还需要缴纳相应的罚款。罚款数额取决于具体的违章行为，例如酒驾、超速等严重违章行为可能会导致更高的罚款。
合同条款
如果租车合同中有明确的条款约定关于违章扣分的处理方式，包括赔偿金额、违约金等，租车人需要按照合同约定进行处理。
避免代扣
注意，使用其他人的驾驶证代扣分数是违法行为，会被拘留五到十天，并处罚款。
通过以上步骤，你可以妥善处理租车期间的违章扣分问题。建议尽早处理，以免影响驾驶证的正常使用。
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